Подготовка NGS библиотеки из FFPE ДНК:
практические рекомендации

FFPE образцы широко используются в клинической диагностике и онкологических исследованиях, однако подготовка NGS библиотек из такого материала сопряжена с рядом сложностей. Формалин вызывает кросслинки и деградацию ДНК, что делает невозможным использование стандартных протоколов без адаптации.

Ключевым этапом является правильный выбор набора для экстракции. Решения Raissol для FFPE образцов, такие как FFPE MAG, учитывают особенности депарафинизации и позволяют получать ДНК, пригодную для амплификации и секвенирования. Использование неспециализированных наборов приводит к коротким фрагментам и низкой эффективности библиотечной подготовки.

После экстракции необходимо точно измерить концентрацию ДНК. Для FFPE образцов спектрофотометрические методы не подходят из-за примесей и фрагментации. Продукция Raissol для флуориметрического анализа позволяет корректно оценить концентрацию и избежать ошибок при расчете входного количества.

При подготовке библиотеки предпочтение следует отдавать ферментативной фрагментации с минимальным числом этапов.

Наборы ShotGun GM и ShotGun GM Plus обеспечивают воспроизводимую подготовку библиотек даже при работе с деградированной ДНК.

Контроль числа циклов PCR и обязательная очистка библиотек являются критическими условиями для получения качественных данных.