Процесс подготовки библиотек включает несколько этапов, направленных на получение качественного материала, оптимального для секвенирования:

Подготовка библиотеки:
Фрагментация исходного нуклеинового кислоты (ДНК или РНК) с помощью ферментативных методов.
Лигирование адаптеров с баркодами - коротких последовательностей, необходимых для идентификации образца и секвенирования. Используется так же для PCR-free секвенирования.
Амплификация библиотеки для увеличения количества молекул при работе с малых количеством биоматериала.

Очистка и концентрация:
Удаление нежелательных примесей и свободных адаптеров с помощью магнитных или гель-осадительных методов.
Определение концентрации и размера фрагментов с помощью электрофореза или автоматизированных систем (Qsep400 DNA Fragment Analyzer).

Контроль качества:
Анализ размера фрагментов: оптимальный диапазон — 200–500 пар оснований (Bioanalyzer, TapeStation).
Оценка концентрации, необходимая для загрузки в секвенатор (флуориметрические методы).

Только библиотеки, прошедшие контроль качества, загружаются в секвенатор для получения высококачественных данных.