ОСНАЩЕНИЕ И УСЛУГИ ДЛЯ НАУЧНЫХ ЛАБОРАТОРИЙ
FAQ по Genolab M – ответы на часто задаваемые вопросы
Прибор Genolab M – высокопроизводительная система для геномного секвенирования (GeneMind Biosciences, Китай), появившаяся в продаже в конце 2020 года.
В данном материале собраны часто задаваемые вопросы о технологии и приборах Genomind, разделенные по блокам:
В данном материале собраны часто задаваемые вопросы о технологии и приборах Genomind, разделенные по блокам:
- Подготовка библиотек
- Технология секвенирования
- Технические характеристики приборов
- Приложения
- Общие вопросы
Подготовка библиотек
Прибор поддерживает использование одного индекса на образец.
Максимальная длина индекса — 40 bp.
Да, возможно.
Да, для проведения секвенирования на приборе Genolab M нужны адаптеры. Они представляют собой короткие фрагменты ДНК, которые присоединяются к интересующим фрагментам последовательности. Адаптеры также связываются с линкерами ДНК на твердой поверхности проточной ячейки, что позволяет осуществлять процесс секвенирования
Да, известна. Вы можете обратится к представителю компании "Sesana" и узнать точную последовательность.
Длина ридов при секвенировании начинается от 50 bp.
Длина ридов при секвенировании составляет до 150 bp.
Зависит от протокола приготовления. Для загрузки секвенатора требуется 4нМ библиотека.
Секвенатор адаптирован для основных вариантов наборов от других производителей
Да, секвенаторы компании Genemind адаптированы для работы с панелями компании Illumina.
Прибор поддерживает использование одного индекса на образец.
Максимальная длина индекса — 40 bp.
Да, возможно.
Да, для проведения секвенирования на приборе Genolab M нужны адаптеры. Они представляют собой короткие фрагменты ДНК, которые присоединяются к интересующим фрагментам последовательности. Адаптеры также связываются с линкерами ДНК на твердой поверхности проточной ячейки, что позволяет осуществлять процесс секвенирования
Да, известна. Вы можете обратится к представителю компании "Sesana" и узнать точную последовательность.
Длина ридов при секвенировании начинается от 50 bp.
Длина ридов при секвенировании составляет до 150 bp.
Зависит от протокола приготовления. Для загрузки секвенатора требуется 4нМ библиотека.
Секвенатор адаптирован для основных вариантов наборов от других производителей
Да, секвенаторы компании Genemind адаптированы для работы с панелями компании Illumina.
Технология секвенирования
Библиотеку денатурируют до одноцепочечной и амплифицируют на поверхности проточной кюветы. Затем амплифицированные фрагменты гибридизуют с праймером для секвенирования. Далее добавляются нуклеотиды, меченные флуоресцентным красителем, и полимераза, чтобы начать цикл секвенирования. В каждом цикле терминаторная структура нуклеотидов обеспечивает включение только одного нуклеотида. Подробнее о секвенировании путем синтеза можно прочитать в блоге компании "Sesana".
Нет, на одну ячейку можно нанести только одну библиотеку.
Для секвенатора Genolab M — 4 красителя («четырёхцветная химия»).
За счет действия фермента, какого именно — коммерческая тайна компании производителя.
Специфического олигонуклеотида для точной посадки вслед за якорем достаточно. После присоединения одного олигонуклеотида, второй уже не сможет пройти через лигирование и будет удален из раствора при отмывке.
Непосредственно на ячейке фрагментация ДНК не осуществляется.
В режиме парноконцевых чтение фрагмент ДНК секвенируют с обоих концов, что повышает точность полученной последовательности.
Библиотеку денатурируют до одноцепочечной и амплифицируют на поверхности проточной кюветы. Затем амплифицированные фрагменты гибридизуют с праймером для секвенирования. Далее добавляются нуклеотиды, меченные флуоресцентным красителем, и полимераза, чтобы начать цикл секвенирования. В каждом цикле терминаторная структура нуклеотидов обеспечивает включение только одного нуклеотида. Подробнее о секвенировании путем синтеза можно прочитать в блоге компании "Sesana".
Нет, на одну ячейку можно нанести только одну библиотеку.
Для секвенатора Genolab M — 4 красителя («четырёхцветная химия»).
За счет действия фермента, какого именно — коммерческая тайна компании производителя.
Специфического олигонуклеотида для точной посадки вслед за якорем достаточно. После присоединения одного олигонуклеотида, второй уже не сможет пройти через лигирование и будет удален из раствора при отмывке.
Непосредственно на ячейке фрагментация ДНК не осуществляется.
В режиме парноконцевых чтение фрагмент ДНК секвенируют с обоих концов, что повышает точность полученной последовательности.
Технические характеристики приборов
Одноконцевые (SE) :SE75, SE150.
Парноконцевые (PE): PE75, PE100, PE150.
Парноконцевые (PE): PE75, PE100, PE150.
Да, такая возможность есть.
FASTQ
Всего два: при запуске двух независимых друг от друга ячеек.
Секвенатор Genolab M может осуществлять анализ без подключения к интернету.
Максимальный размер выходных данных может достигать 300 Гб.
Да, протоколы и инструкции переведены на русский язык и могут быть предоставлены пользователю по запросу у сотрудников компании "Sesana".
Прибор оснащен дисплеем при помощи которого можно осуществлять все манипуляции по настройке, запуску и последующей выгрузке данных секвенирования. Сам анализ выходных данных проводится на любом компьютере.
Да, есть требования к электричеству — 220 В переменного тока ± 10 % (50/60 Гц), температуре помещения — 19℃-25℃, влажности в помещении — 20%-85% (без конденсации). Подробнее о требования по эксплуатации можно узнать в инструкции по эксплуатации секвенатора.
Одноконцевые (SE) :SE75, SE150.
Парноконцевые (PE): PE75, PE100, PE150.
Парноконцевые (PE): PE75, PE100, PE150.
Да, такая возможность есть.
FASTQ
Всего два: при запуске двух независимых друг от друга ячеек.
Секвенатор Genolab M может осуществлять анализ без подключения к интернету.
Максимальный размер выходных данных может достигать 300 Гб.
Да, протоколы и инструкции переведены на русский язык и могут быть предоставлены пользователю по запросу у сотрудников компании "Sesana".
Прибор оснащен дисплеем при помощи которого можно осуществлять все манипуляции по настройке, запуску и последующей выгрузке данных секвенирования. Сам анализ выходных данных проводится на любом компьютере.
Да, есть требования к электричеству — 220 В переменного тока ± 10 % (50/60 Гц), температуре помещения — 19℃-25℃, влажности в помещении — 20%-85% (без конденсации). Подробнее о требования по эксплуатации можно узнать в инструкции по эксплуатации секвенатора.
Приложения
Да, подходят. Подробнее об анализе метагенома можно прочитать в статье "WGS в метагеномных исследованиях", опубликованной в блоге компании "Sesana".
Да, например статья, опубликованная в MDPI — "Development of Synbiotic Preparations That Restore the Properties of Cattle Feed Affected by Toxin-Forming Micromycetes".
Подробные сведения о сравнении двух секвенаторов проведено на базе Томского Национального исследовательского медицинского центра РАН. Результаты сравнения представлены на сайте компании "Sesana". Помимо этого есть ряд зарубежных статей, где приведены результаты сравнения, например "Comparative performance of the GenoLab M and NovaSeq 6000 sequencing platforms for transcriptome and LncRNA analysis" и "Comparison of the Illumina NextSeq 2000 and GeneMind Genolab M sequencing platforms for spatial transcriptomics".
Да, группа ученых Китая представила полученные результаты в статье под названием "Inhibition of Hepatitis B Virus (HBV) replication and antigen expression by Brucea javanica (L.) Merr. oil emulsion".
Да, подходят. Подробнее об анализе метагенома можно прочитать в статье "WGS в метагеномных исследованиях", опубликованной в блоге компании "Sesana".
Да, например статья, опубликованная в MDPI — "Development of Synbiotic Preparations That Restore the Properties of Cattle Feed Affected by Toxin-Forming Micromycetes".
Подробные сведения о сравнении двух секвенаторов проведено на базе Томского Национального исследовательского медицинского центра РАН. Результаты сравнения представлены на сайте компании "Sesana". Помимо этого есть ряд зарубежных статей, где приведены результаты сравнения, например "Comparative performance of the GenoLab M and NovaSeq 6000 sequencing platforms for transcriptome and LncRNA analysis" и "Comparison of the Illumina NextSeq 2000 and GeneMind Genolab M sequencing platforms for spatial transcriptomics".
Да, группа ученых Китая представила полученные результаты в статье под названием "Inhibition of Hepatitis B Virus (HBV) replication and antigen expression by Brucea javanica (L.) Merr. oil emulsion".