Секвенирование на платформах
Illumina NextSeq 2000 и GeneMind Genolab M (Геноскан 4000)
Illumina NextSeq 2000 и GeneMind Genolab M (Геноскан 4000)
Сравнение двух технологий секвенирования
на платформах Illumina NextSeq 2000 и GeneMind Genolab M
на примере библиотек 10x Genomics Visium
на платформах Illumina NextSeq 2000 и GeneMind Genolab M
на примере библиотек 10x Genomics Visium
Авторы работы:
Ямщиков
Биоинформатик лаборатории трансляционной клеточной и молекулярной биомедицины ТГУ
Ирина Ларионова
Канд. мед. наук, с.н.с. лаборатории трансляционной клеточной и молекулярной биомедицины ТГУ с.н.с. лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии ТНИМЦ
Евгений Денисов
Канд. биол. наук, зав. лабораторией биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии ТНИМЦ
Ямщиков
Биоинформатик лаборатории трансляционной клеточной и молекулярной биомедицины ТГУ
Ирина Ларионова
Канд. мед. наук, с.н.с. лаборатории трансляционной клеточной и молекулярной биомедицины ТГУ с.н.с. лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии ТНИМЦ
Евгений Денисов
Канд. биол. наук, зав. лабораторией биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии ТНИМЦ
Решение 10x Genomics Visium позволяет оценивать экспрессию генов в клетках непосредственно на срезах тканей в контексте паренхиматозно-стромальных взаимоотношений и проводить корреляции с патоморфологическими характеристиками.
Дизайн исследования
Genolab M не имеет видимых отличий
от платформы NextSeq 2000
от платформы NextSeq 2000
- По метрикам качества
- Количеству UMI и генов
- Корреляции спотов, UMAP и кластеризации
- Распределению кластеров на срезах
Нет заметных различий в распределении GC состава в прочтениях
между двумя платформами
между двумя платформами
NextSeq 2000
Имеет небольшое преимущество в качестве секвенирования.
Имеет большую насыщаемость.
Имеет большую насыщаемость.
Genolab M
Несмотря на меньшее число прочтений имеет большее количество UMI и обнаруженных генов.
| Slide | A1-1 | A1-1 | A1-2 | A1-2 | B1-2 | B1-2 |
| Platform | Illumina | Genolab | Illumina | Genolab | Illumina | Genolab |
| Number of Reads | 57,183,864 | 53,580,387 | 70,380,616 | 64,184,316 | 88,306,199 | 68,468,084 |
| Valid Barcodes | 98.20% | 97.60% | 97.40% | 96.70% | 98.30% | 97.40% |
| Valid UMIs | 100.00% | 99.90% | 100.00% | 99.90% | 100.00% | 99.90% |
| Sequencing Saturation | 31.90% | 10.70% | 69.70% | 62.90% | 48.80% | 29.00% |
| Q30 Bases in Barcode | 96.50% | 95.50% | 96.70% | 94.70% | 96.60% | 94.90% |
| Q30 Bases in Probe Read | 97.00% | 95.10% | 96.70% | 94.30% | 97.20% | 94.80% |
| Q30 Bases in UMI | 97.20% | 95.20% | 97.40% | 94.40% | 97.30% | 94.60% |
| Fraction Reads in Spots Under Tissue | 80.30% | 80.40% | 83.30% | 83.40% | 70.30% | 70.20% |
| Mean Reads per Spot | 20,278 | 19,000 | 27,482 | 25,062 | 44,622 | 34,597 |
| Mean Reads Under Tissue per Spot | 15,975 | 14,885 | 15,672 | 14,174 | 25,492 | 19,558 |
| Median UMI Counts per Spot | 10,744 | 12,618 | 2,751 | 2,918 | 10,275 | 10,405 |
| Median Genes per Spot | 4,565 | 5,034 | 1,647 | 1,736 | 3,866 | 3,930 |
| Genes Detected | 16,736 | 16,852 | 16,441 | 16,532 | 16,779 | 16,767 |
| Reads Mapped to Probe Set | 98.60% | 98.30% | 96.10% | 95.90% | 98.10% | 97.50% |
| Reads Mapped Confidently to Probe Set | 97.50% | 97.30% | 60.80% | 60.30% | 70.90% | 70.50% |
| Reads Mapped Confidently to the Filtered Probe Set | 73.30% | 74.20% | 44.80% | 45.50% | 55.10% | 55.50% |
Нет заметных различий в распределении GC состава в прочтениях
между двумя платформами
между двумя платформами
Платформы значительно коррелируют по количеству обнаруженных UMI и генов. Коэффициент детерминации не менее 0.98
A . Корреляция между распределением UMI на спот между платформами.
B . Корреляция между распределением генов на спот между платформами.
Нет значительных отличий между генами прошедшими фильтрацию.
Все же, Genolab M имеет больше генов после фильтрации
Все же, Genolab M имеет больше генов после фильтрации
Общие и уникальные гены обнаруженные двумя платформами после фильтрации.
Фильтрация
Не менее 10 UMI на один ген на слайде, не менее 200 генов на один спот.
Фильтрация
Не менее 10 UMI на один ген на слайде, не менее 200 генов на один спот.
Все три слайда имеют высокую корреляцию между спотами.
Наибольшую корреляцию между спотами имеет срез B1-2
Наибольшую корреляцию между спотами имеет срез B1-2
Корреляция спотов по общим генам между двумя платформами.
Нет различий между аннотацией кластеров.
Нет видимых различий в UMAP координатах за исключением кластера 5
Нет видимых различий в UMAP координатах за исключением кластера 5
Результаты UMAP и кластеризации.
Для нормализации использовалась функция SCTransform пакета Seurat. Одинаковые вариабельные гены использовались для UMAP и кластеризации. Batch эффект не устранялся.
Значительных различий между аннотацией спотов на срезах не наблюдаем. Кластер 5 сохраняет свое тканевое расположение без видимых изменений
Распределение кластеров на срезах у двух платформ секвенирования
Имеются видимые отличия в обнаруженных ДЭГ, однако количество общих генов сохраняется на высоком уровне. Особенно различия заметны в кластере 5
Пересечение дифференциально экспрессирующихся (ДЕГ) генов между кластерами . Корреляция спотов кластеров по общим генам между двумя платформами.
Видимые различия в ДЭГ кластеров возможно имеют стохастическую природу за счет влияния генов с низкой экспрессией.
Получить коммерческое предложение
Направим актуальное коммерческое предложение на email
Проведем консультацию по внедрению