Недавние достижения в секвенировании РНК одиночных клеток (scRNA), такие как недавно разработанный метод «RevGel-seq», произвели революцию в анализе растительных клеток. Этот метод позволяет оптимизировать анализ и решает проблемы изоляции протопластов. Теперь многонациональная группа исследователей рассматривает этот и другие подобные достижения в секвенировании scRNA растений с целью предоставить рекомендации по облегчению соответствующего выбора методов scRNA для различных типов образцов.
В мире биологии растений определение особенностей отдельных растительных клеток было сложной задачей, особенно из-за уникальной структуры этих клеток, инкапсулированных жесткими клеточными стенками. Эта проблема, в свою очередь, затруднила выделение интактных ядер или протопластов, которые необходимы для детального анализа. Теперь, революционная разработка секвенирования одноклеточной РНК (scRNA) позволила сделать шаг вперед в анализе растительных биосистем.
Более того, другие технические достижения в секвенировании scRNA, такие как разработка протоколов выделения клеток, подготовки библиотек и технологий секвенирования, способствовали преодолению проблем анализа, специфичных для растений. В недавнем обзоре, опубликованном в журнале BioDesign Research, исследователи всесторонне рассмотрели последние достижения и сдвиги парадигмы в биологии растений.
В обзоре сначала обсуждаются методы, широко используемые в транскриптомике одноклеточных клеток, которые включают экспериментальные и вычислительные компоненты, а также подробно описывают общий рабочий процесс секвенирования scRNA. Учитывая проблемы и ограничения методов подготовки протопластов и выделения ядер, использование платформы микрофлюидики предлагает основной рабочий процесс для выделения, разделения и анализа отдельных клеток.
Затем в обзоре затрагиваются достижения в создании библиотек и секвенирования scRNA. Исследователи обсуждают применение секвенирования scRNA в системной биологии растений и подробно рассказывают, как секвенирование scRNA использовалось для изучения биологии растений на клеточном уровне, проливая свет на молекулярные механизмы развития растений, реакцию растений на биотические и абиотические стрессы. эпигенетическую регуляцию у растений, определение судьбы клеток и органогенез.
Обсуждая проблемы и потенциал дальнейшего развития секвенирования scRNA, исследователи подчеркивают недавнюю прорывную разработку, направленную на оптимизацию методов выделения протопластов и создание стандартизированных процессов секвенирования одноклеточной РНК (scRNA-seq) в различных лабораториях. "RevGel-seq" работает с комплексами сфер с клеточным штрих-кодом. Эта инновационная подготовка проб для scRNA-секвенирования удобна и высокоэффективна не только в клетках растений, но и животных.
В мире биологии растений определение особенностей отдельных растительных клеток было сложной задачей, особенно из-за уникальной структуры этих клеток, инкапсулированных жесткими клеточными стенками. Эта проблема, в свою очередь, затруднила выделение интактных ядер или протопластов, которые необходимы для детального анализа. Теперь, революционная разработка секвенирования одноклеточной РНК (scRNA) позволила сделать шаг вперед в анализе растительных биосистем.
Более того, другие технические достижения в секвенировании scRNA, такие как разработка протоколов выделения клеток, подготовки библиотек и технологий секвенирования, способствовали преодолению проблем анализа, специфичных для растений. В недавнем обзоре, опубликованном в журнале BioDesign Research, исследователи всесторонне рассмотрели последние достижения и сдвиги парадигмы в биологии растений.
В обзоре сначала обсуждаются методы, широко используемые в транскриптомике одноклеточных клеток, которые включают экспериментальные и вычислительные компоненты, а также подробно описывают общий рабочий процесс секвенирования scRNA. Учитывая проблемы и ограничения методов подготовки протопластов и выделения ядер, использование платформы микрофлюидики предлагает основной рабочий процесс для выделения, разделения и анализа отдельных клеток.
Затем в обзоре затрагиваются достижения в создании библиотек и секвенирования scRNA. Исследователи обсуждают применение секвенирования scRNA в системной биологии растений и подробно рассказывают, как секвенирование scRNA использовалось для изучения биологии растений на клеточном уровне, проливая свет на молекулярные механизмы развития растений, реакцию растений на биотические и абиотические стрессы. эпигенетическую регуляцию у растений, определение судьбы клеток и органогенез.
Обсуждая проблемы и потенциал дальнейшего развития секвенирования scRNA, исследователи подчеркивают недавнюю прорывную разработку, направленную на оптимизацию методов выделения протопластов и создание стандартизированных процессов секвенирования одноклеточной РНК (scRNA-seq) в различных лабораториях. "RevGel-seq" работает с комплексами сфер с клеточным штрих-кодом. Эта инновационная подготовка проб для scRNA-секвенирования удобна и высокоэффективна не только в клетках растений, но и животных.
