применение Секвенирования на ONT (PromethION)

Секвенирование на ONT (PromethION) широко применяется для решения следующих задач:

Декодирование геномов и их сборка: Получение высококачественных длинных чтений для сборки сложных и повторяющихся геномных участков, а также для секвенирования геномов новых видов.
Анализ структурных вариантов: Обнаружение крупных вставок, делеций, транслокаций и других структурных изменений в геноме.
Изучение эпигенетики: Детекция метилирования ДНК без необходимости дополнительной обработки образца.
Анализ транскриптомов и альтернативного сплайсинга: Получение длинных транскриптов для определения вариантов экспрессии и структурных особенностей РНК.
Микробиология и метагеномика: Быстрое идентифицирование микробных сообществ, обнаружение новых микроорганизмов и их генетического материала.
Диагностика и клинические исследования: Быстрое секвенирование патогенов, выявление мутаций, связанных с заболеваниями.
Генетическая модификация и редактирование: Подтверждение внедрения изменений в геноме после генной инженерии.

Преимущества платформы ONT PromethION — возможность получения длинных чтений, высокая пропускная способность и возможность масштабирования под конкретные задачи.

RNA-Seq — это технология, основанная на секвенировании комплементарной ДНК (cDNA), полученной из РНК образца. Она позволяет количественно и качественно оценить все транскрипты, присутствующие в образце, а также обнаружить новые гены и варианты сплайсинга.

Зачем проводят RNA-Seq?

Анализ экспрессии генов: Определение уровней экспрессии для сотен или тысяч генов одновременно, что помогает понять биологические процессы и реакции организма.
Обнаружение новых транскриптов и вариантов сплайсинга: Выявление новых изоформ генов, альтернативных путей регуляции и некодирующих РНК.
Исследование дифференциальной экспрессии: Сравнение профилей между разными условиями, состояниями или группами образцов для выявления ключевых регуляторных элементов.
Изучение патогенеза и заболеваний: Анализ изменений в транскриптоме при болезнях для поиска биомаркеров и потенциальных терапевтических целей.
Функциональная аннотация генов: Помогает понять роль неизвестных или малоизученных генов.