Полногеномное бисульфитное секвенирование

Услуги компании "Сесана" по полногеномному бисульфитному секвенированию

Полногеномное бисульфитное секвенирование является одним из методов, используемых для анализа эпигенетических модификаций на уровне цитозиновых оснований в геноме. Эта технология была разработана для исследования метилирования ДНК, которое играет важную роль в регуляции генной активности и может быть связано с различными аспектами жизни и здоровья.

В полногеномном бисульфитном секвенировании используется химическая модификация ДНК с помощью бисульфита. Бисульфит преобразует все неметилированные цитозины в урацилы, в то время как метилированные цитозины сохраняются. После этого следует серия реакций, амплификации и последующего секвенирования, обеспечивающих получение последовательности ДНК.

Главной особенностью полногеномного бисульфитного секвенирования является возможность анализировать метилирование на одиночном основании в геноме. Это позволяет получить информацию о точности и положении метилированных и неметилированных сайтов в геноме.

Для достижения высокой точности и надежности результатов необходимо применять современные системы секвенирования нового поколения, основанные, например, на технологии иллюмины. Эти системы позволяют быстро и достаточно точно определить последовательность ДНК.

При полногеномном бисульфитном секвенировании обычно используется ряд праймеров, специально разработанных для амплификации участков интереса в геноме. Для получения полного набора данных по каждому образцу необходимо провести несколько реакций амплификации.

Полученные после секвенирования данные анализируются начиная с регистрации сигналов, полученных на каждом из положений оснований. Затем происходит преобразование этих сигналов в последовательность ДНК, которая дает информацию о метилировании каждого цитозина в геноме.

Однако следует отметить, что полногеномное бисульфитное секвенирование имеет свои ограничения. Размер фрагментов ДНК, которые можно успешно амплифицировать, ограничен, поэтому для анализа больших участков генома может потребоваться дальнейшая обработка.

Более того, данная методика требует использования специального оборудования и хорошо оборудованной лаборатории. Вместе с тем, полногеномное бисульфитное секвенирование представляет мощный инструмент для исследования эпигенетических модификаций и может помочь в раскрытии общих принципов и молекулярных механизмов, лежащих в основе различных биологических процессов и патологий.

Полезные материалы

Одноклеточное секвенирование РНК

При полногеномном секвенировании (WGS) исследуется усредненный геном популяции клеток. Это может быть клеточная культура, конкретная ткань, орган или образцы из разных тканей. Секвенирование отдельных клеток позволяет изучать характеристики конкретной клетки с ее специфическими особенностями [1]. Такой подход используется для выявления новых мутаций в опухолях, изучения вариаций эпигенома, происходящих во время эмбрионального развития (и не только!) и оценки экспрессии определенных генов в конкретных клетках. То есть, традиционно секвенирование отдельных клеток подразделяется на: изучение генома клетки (scDNA-seq), ее метилома или же транскриптома (scRNA-seq). О последнем и пойдет речь в новом материале.

Основные приложения секвенирования в науке и медицине

Роль секвенирования в науке и медицине с каждым годом только растет. Уже сложно представить генетическую лабораторию без секвенатора. Его используют для проведения фундаментальных исследований, например, расшифровки генома любого из живущих на планете видов. Также, прикладные задачи секвенирования включают в себя диагностику патологий, определение особенностей раковых опухолей, селекции и многого другого. Так какие же разновидности секвенирования существуют в настоящее время и для чего они используются?

Как проходит подготовка библиотеки для секвенирования?

Совершенствование технологии секвенирования привело к уменьшению затрат и повышению качества, а также расширению спектра применения метода. В этой статье мы рассмотрим значение подготовки высококачественных библиотек для NGS, а также влияние таких факторов, как количество и качество исходного материала ДНК и РНК.