Пробники реагентов в подарок

Набор для приготовления полногеномных библиотек SG GM

Raissol
55000,00
р.
Набор реагентов SG_GM от Raissol® представляет собой полноценную систему ферментативной подготовки библиотек по технологии "ShotGun Sequensing" - простые манипуляции позволяют получать фрагментированную ДНК в диапазоне от 130bp из геномной ДНК или ДНК ампликонов с длинной более 800bp. Регулирование размеров можно осуществить за счет изменения времени этапа фрагментирования, а для процессирования фрагментированной ДНК нет необходимости очищать ее после этапа фрагментации - этапы репарации и лигирования осуществляются в одной пробирке последовательно. Очистку после этапа лигирования рекомендуется производить с использованием магнитных частиц по технологии SPRI (важно учитывать рекомендации производителя по количеству вносимых частиц на необходимый размер фрагментированной ДНК). Индексирование осуществляется посредством ПЦР - система совместима с индексированными праймерами по технологии Illumina TrueSeq. Рекомендуется 8 циклов ПЦР индексирования, однако допустимы изменения в зависимости от необходимых показателей финальной концентрации ДНК и относительного количества дупликатов. Очистку после этапа индексирования рекомендуется производить с использованием магнитных частиц по технологии SPRI (важно учитывать рекомендации производителя по количеству вносимых частиц на необходимый размер фрагментированной ДНК).

Раздел: Наборы для приготовления ДНК библиотек

Состав набора
Инструкция по использованию
Условия хранения
Необходимые материалы и оборудование

Состав набора

В набор включены все необходимые реагенты для приготовления полногеномных библиотек:
1.    3 в 1 буфер;
2.    3-фермент;
3.    ДНК-нуклеаза;
4.    Лигазный буфер;
5.    Лигаза;
6.    Адаптеры;
7.    ПЦР буфер;
8.    ПЦР фермент 1;
9.    ПЦР фермент 2.

Инструкция по использованию

Проведение процедуры приготовления полногеномных библиотек

Фрагментация
1.    Внести 10 мкл образца ДНК с концентрацией 20 нг/мкл (для геномной ДНК) или 10 нг/мкл (для ампликонов) в пробирки в стрипах либо в 96-луночный планшет объемом 0,2 мл. Концентрация должна быть установлена: 1) для геномной ДНК – спектрофотометрически при длине волны 260 нм 2) для ампликонов – спектрофотометрически с применением интеркаляторов (#spectrahs-100/500/1000; #spectrabr-100/500/1000).
2.    Приготовить мастер-микс на необходимое количество реакций:

3в1 буфер - 13,4 мкл на 1 реакцию.

3-фермент - 1,6 мкл на 1 реакцию.

ДНК-нуклеаза - 1 мкл на 1 реакцию.


3.    Перемешать мастер-микс, сбросить капли с помощью кратковременного центрифугирования.
4.    Внести 16 мкл мастер-микса к образцам.
5.    Поместить пробирки в амплификатор с предварительно установленной программой для фрагментации после выхода прибора в рабочее состояние 1-го этапа:



6.    После установки пробирок в амплификатор необходимо пропустить первый этап.
Примечание: при использовании ДНК-нуклеазы для фрагментирования ДНК на необходимый размер следует провести предварительное тестирование времени фрагментации (полка 2: +65℃) с шагом 2,5 минуты для установления оптимального размера (уменьшение времени приводит к увеличению размера продукта). Рекомендованная программа рассчитана на средний размер продукта 140-160 п.н.

Лигирование
1.    Приготовить мастер-микс на необходимое количество реакций:

Лигазный буфер - 20,5 мкл на 1 реакцию.

Адаптеры - 3,5 мкл на 1 реакцию.

Лигаза - 1 мкл на 1 реакцию.


2.    Перемешать мастер-микс, сбросить капли с помощью кратковременного центрифугирования.
3.    После завершения программы фрагментации внести 25 мкл мастер-микса к образцам.
4.    Установить программу для лигирования. Поместить пробирки в амплификатор с предварительно установленной программой для лигирования после выхода прибора в рабочее состояние 1-го этапа:

5.    После установки пробирок в амплификатор необходимо пропустить первый этап.
Очистка после лигирования
1.    Добавить 45 мкл магнитных частиц к каждому образцу, интенсивно перемешать на вортексе до гомогенного состояния, инкубировать в течение 5 минут при комнатной температуре, сбросить капли с помощью кратковременного центрифугирования.
2.    Поместить образцы на магнитный штатив, инкубировать в течение 3-5 минут до прозрачности раствора.
3.    Аккуратно, не задевая осадок частиц, удалить супернатант.
4.    Добавить 180 мкл 80% этанола к каждому образцу, инкубировать в течение 30 секунд, перемещая пробирки на магнитном штативе, меняя их положение относительно магнита. Аккуратно, не задевая частицы, удалить супернатант.
5.    Повторить пункт 4. Высушить образцы с открытыми крышками при комнатной температуре в течение 10 минут или при +37℃ до полного испарения спирта.
6.    Добавить 24 мкл деионизированной воды к осадку частиц. Интенсивно перемешать пробирки на вортексе, сбросить капли с помощью кратковременного центрифугирования.
7.    Поместить образцы на магнитный штатив, инкубировать в течение 2-3 минут до прозрачности раствора.
8.    Перенести 22 мкл элюата в новые пробирки, не захватывая магнитные частицы.
Постановка индексной ПЦР
1.    Добавить к каждому образцу по 2 мкл индивидуального праймерного микса из планшета с праймерами (#Plate1_SG_GM/#Plate2_SG_GM).
2.    Приготовить мастер-микс на необходимое количество реакций:

ПЦР буфер - 25 мкл на 1 реакцию.

ПЦР фермент 1 - 0,5 мкл на 1 реакцию.

ПЦР фермент 2 - 0,75 мкл на 1 реакцию.

3.    Перемешать мастер-микс, сбросить капли с помощью кратковременного центрифугирования.
4.    Внести по 26,25 мкл мастер-микса к образцам.
5.    Поместить пробирки в амплификатор. Запустить программу для индексной ПЦР:

Очистка после индексной ПЦР
1.    Добавить 50 мкл магнитных частиц к каждому образцу, интенсивно перемешать на вортексе до гомогенного состояния, инкубировать в течение 5 минут при комнатной температуре, сбросить капли с помощью кратковременного центрифугирования.
2.    Поместить образцы на магнитный штатив, инкубировать в течение 3-5 минут до прозрачности раствора.
3.    Аккуратно, не задевая осадок частиц, удалить супернатант.
4.    Добавить 180 мкл 80% этанола к каждому образцу, инкубировать в течение 30 секунд, перемещая пробирки на магнитном штативе. Аккуратно, не задевая осадок частиц, удалить супернатант.
5.    Повторить пункт 4. Высушить образцы с открытыми крышками при комнатной температуре в течение 10 минут или при +37℃ до полного испарения спирта.
6.    Добавить 22 мкл TE буфера с низким содержанием ЭДТА к осадку частиц. Интенсивно перемешать пробирки на вортексе, сбросить капли с помощью кратковременного центрифугирования.
7.    Поместить образцы на магнитный штатив, инкубировать в течение 2-3 минут до прозрачности раствора.
8.    Перенести 20 мкл элюата в новые пробирки.
Полученные полногеномные библиотеки могут храниться при +4℃ в течение суток или при -20℃ более длительный срок. Полногеномные библиотеки могут быть использованы в дальнейшей подготовке к секвенированию.

Скачать краткую инструкцию "ShotGun GM" (pdf)

Скачать полную инструкцию "ShotGun GM" (pdf)

 

вернуться в каталог товаров

Условия хранения

Все реагенты набора «SG GM» необходимо хранить при -20℃, срок хранения составляет 12 месяцев.

Необходимые материалы и оборудование

Необходимые материалы и оборудование:
  1. Микроцентрифужные пробирки объемом 1,5-2 мл;
  2. Штатив для микроцентрифужных пробирок объемом 1,5-2 мл;
  3. Пробирки в стрипах либо 96-луночный планшет объемами 0,2 мл;
  4. Автоматические дозаторы переменного объема на 0,5-10 мкл, 2-20 мкл, 20-200 мкл, 100-1000 мкл и соответствующие одноразовые наконечники;
  5. Вортекс;
  6. Центрифуга для пробирок в стрипах объемом 0,2 мл; амплификатор;
  7. Магнитный штатив планшетного типа для пробирок объемом 0,2 мл.
Необходимые реагенты:
  1. Магнитные частицы для селективной очистки ДНК, например, «Smart beads» Raissol™ (#smartb 50/120/240), или аналоги технологии SPRI;
  2. Деионизированная вода;
  3. ТЕ буфер с низким содержанием ЭДТА;
  4. 80% этанол;
  5. Праймеры – комплект индексов 1 (#Plate1_SG_GM);
  6. Праймеры – комплект индексов 2 (#Plate2_SG_GM).
Смотрите также