FFPE-ДНК перед NGS: пригодность материала и контроль качества

В последние годы секвенирование следующего поколения (NGS) стало основным инструментом в молекулярной диагностике и генетических исследованиях. Одним из ключевых аспектов успешного проведения NGS является качество исходного материала, особенно когда речь идет о ДНК, выделенной из формалиново-фиксированных, парафин-обработанных тканей (FFPE). В этой статье мы рассмотрим, как обеспечить пригодность FFPE-ДНК для NGS и какие меры контроля качества необходимо применять.

Проблемы с FFPE-ДНК

FFPE-ткани широко используются в клинической практике, однако процесс фиксации и парафинирования может негативно сказываться на качестве извлекаемой ДНК. Основные проблемы, с которыми сталкиваются лаборатории:

• Фрагментация ДНК: Процесс фиксации может привести к разрыву молекул ДНК, что затрудняет последующий анализ.
• Модификации ДНК: Формальдегид, используемый в процессе фиксации, может вызывать химические модификации, которые влияют на результаты секвенирования.
• Низкая выходная ДНК: Извлечение ДНК из FFPE-образцов часто дает низкие выходы, что может быть критичным для NGS.

Контроль качества FFPE-ДНК

Для успешного проведения NGS необходимо проводить контроль качества выделенной ДНК. Вот несколько ключевых этапов:

1. Оценка концентрации и чистоты ДНК: Используйте спектрофотометрию или флуориметрию для определения концентрации и чистоты выделенной ДНК. Оптимальные значения A260/A280 должны быть в диапазоне 1.8-2.0.
2. Анализ фрагментации: Применение гель-электрофореза или капиллярного электрофореза позволяет оценить размер фрагментов ДНК. Для NGS предпочтительны фрагменты длиной 200-500 п.н.
3. Проверка на наличие ингибиторов: Необходимо убедиться, что в образце отсутствуют ингибиторы, которые могут повлиять на эффективность ПЦР и секвенирования.

Подбор реагентов для выделения ДНК

Компания Sesana предлагает наборы реагентов под брендом Raissol, которые специально разработаны для выделения ДНК из FFPE-образцов. Наборы Raissol подходят для работы с тканями. Sesana предоставляет консультации и поддержку на всех этапах работы с реагентами.

Заключение

Пригодность FFPE-ДНК для NGS зависит от множества факторов, включая качество исходного материала и используемые реагенты. Правильный контроль качества и выбор надежных наборов для выделения ДНК, таких как Raissol от компании Sesana, помогут обеспечить успешное проведение NGS и получение достоверных результатов. Для получения дополнительной информации о реагентах и услугах, предлагаемых компанией Sesana, вы можете посетить целевую страницу.

FAQ

1. Каковы основные проблемы при работе с FFPE-ДНК?
Основные проблемы включают фрагментацию ДНК, химические модификации и низкий выход ДНК.

2. Как контролировать качество выделенной ДНК?
Контроль качества включает оценку концентрации и чистоты, анализ фрагментации и проверку на наличие ингибиторов.

3. Какие реагенты рекомендует Sesana для работы с FFPE-образцами?
Sesana предлагает наборы реагентов Raissol, которые подходят для работы с тканями.