Бриф для NGS-сервиса: образцы, метод, QC и отчет

Подготовка образцов для NGS-секвенирования является ключевым этапом, который напрямую влияет на качество данных и успешность проекта. Перед отправкой образцов в NGS-сервис, например, в лабораторию компании Sesana, важно ознакомиться с требованиями и рекомендациями по подготовке, чтобы избежать повторных проб и задержек.

Что такое NGS-секвенирование и зачем оно нужно?

NGS (Next-Generation Sequencing) представляет собой метод высокопроизводительного секвенирования, позволяющий анализировать геномные, транскриптомные и прочие нуклеотидные последовательности с высокой точностью и скоростью. Метод применяется в фундаментальных исследованиях, медицине и биотехнологии для:

• полного геномного секвенирования,
• анализа экспрессии генов,
• выявления генетических вариаций,
• диагностики наследственных заболеваний.

Какие типы образцов подходят для NGS-секвенирования?

Для NGS можно использовать широкий спектр биологических материалов: цельную кровь, ткани, клетки, биоптаты, ДНК и РНК из различных источников. Выбор образца зависит от поставленной задачи и применяемого протокола. Рекомендуется предварительная консультация со специалистами сервиса для оценки пригодности конкретного образца.

Основные этапы подготовки образцов для NGS

1. Извлечение нуклеиновых кислот: использование стандартизированных наборов реагентов, таких как Raissol от Sesana, обеспечивает высокое качество выделения ДНК или РНК.
2. Оценка качества и концентрации: контроль проводится с помощью спектрофотометрии (260/280 нм), флуорометрии, а также электрофореза, чтобы исключить деградацию и загрязнения.
3. Подготовка библиотек: включает фрагментацию, лигирование адаптеров и амплификацию, что необходимо для совместимости с платформой секвенирования.
4. Контроль качества библиотек: проверка размера и концентрации библиотек на каждом ключевом этапе с использованием биочипов или капиллярного электрофореза.

Требования к качеству образцов для NGS

Ключевые параметры образцов, влияющие на результат секвенирования:

• высокая чистота нуклеиновых кислот без белковых или органических загрязнений;
• концентрация, соответствующая рекомендованному диапазону для конкретного метода подготовки;
• отсутствие деградации, оцененная целостностью (RIN для РНК);
• соблюдение условий хранения и транспортировки для стабильности материала.

Как уменьшить риски ошибок при подготовке?

• Используйте стандартные протоколы и сертифицированные реактивы.
• При работе с разными типами образцов учитывайте особенности их обработки и требования к количеству материала.
• Проводите регулярный контроль качества на каждом этапе, включая проверку качества выделенной ДНК/РНК и библиотек.
• Документируйте все шаги подготовки и храните данные контроля, чтобы оперативно выявлять проблемы.

Часто задаваемые вопросы (FAQ)

Какой минимальный объем образца требуется для NGS-секвенирования?

Минимальный объем зависит от вида образца и выбранного метода выделения нуклеиновых кислот. Для уточнения обратитесь в службу поддержки сервиса Sesana.

Можно ли использовать замороженные образцы?

Замороженные образцы часто подходят, однако важна правильная процедура заморозки и разморозки для сохранения качества. Рекомендуется согласовать особенности с техническим специалистом.

Какие реагенты подходят для выделения ДНК?

Наборы Raissol, применяемые в лаборатории Sesana, обеспечивают высокую степень очистки и воспроизводимость выделения нуклеиновых кислот.

Как контролируется качество подготовленных библиотек?

Используются методы электрофореза и флуорометрии, позволяющие оценить размер фрагментов и их концентрацию, что критично для успеха секвенирования.

Что делать, если образцы не соответствуют требованиям по качеству?

Следует повторить этапы выделения или обратиться за консультацией в лабораторию, чтобы скорректировать протокол подготовки или обсудить возможность использования альтернативных подходов.

Дополнительная информация и консультации

Для комплексного обслуживания по подготовке образцов и проведению NGS-секвенирования рекомендуется обращаться к услугам NGS компании Sesana. Консультации помогут адаптировать методику под конкретный проект и улучшить качество результата.

Рекомендуем также ознакомиться со смежными материалами на сайте, которые расширяют понимание: Методология подготовки образцов, Контроль качества в лаборатории, Гибкие подходы к NGS.

Перейти к услугам NGS и запросить консультацию