Геноскан 5000/6000 для WGS: данные для расчета производительности

Зачем нужен чек-лист до запроса КП

WGS-производительность часто пытаются посчитать одной строкой: число образцов умножить на требуемую глубину. Для первичной оценки этого мало. В реальном лабораторном потоке появляются задержки между партиями, разные типы образцов, неравномерная загрузка персонала, повторные запуски после QC и ограничения по передаче данных.
Если обсуждается Геноскан 5000/6000, чек-лист нужен, чтобы разговор с поставщиком был предметным. Он не заменяет спецификацию прибора или коммерческое предложение. Его задача — собрать входные данные так, чтобы расчет нагрузки опирался на реальный SOP, а не на абстрактную пиковую производительность.

1. Что секвенируется

Зафиксируйте тип материала и задачу WGS:

• вид или группа организмов;
• ориентировочный размер генома;
• требуемая глубина покрытия;
• допустимый диапазон качества;
• требования к повторяемости;
• есть ли смешанные партии с разными требованиями.

На этом этапе не нужно подгонять задачу под конкретную модель. Важно описать, какой результат лаборатория должна получать стабильно.

2. Как устроен поток образцов

Для расчета нагрузки нужна не средняя месячная цифра, а профиль поступления:

• сколько образцов приходит в типовую неделю;
• есть ли пики по сезонам или проектам;
• можно ли копить партии или нужен быстрый запуск;
• какие образцы идут первыми;
• сколько повторов допустимо без срыва срока.

Один и тот же месячный объем может требовать разной организации секвенирования. Если образцы можно объединять в партии, требования к расписанию будут одни. Если часть образцов срочная, поток придется разделять. Поэтому в закупочном обсуждении по NGS-платформе Геноскан 5000 полезнее говорить не только о мощности, но и о сценариях запуска.

3. QC и правила перезапуска

Производительность WGS зависит от того, сколько образцов проходит контроль качества с первого раза. В чек-листе должны быть:

• входной QC образцов;
• QC библиотек;
• критерии допуска к запуску;
• правила повторной подготовки;
• кто принимает решение о перезапуске;
• как фиксируются причины отклонения.

Если эти правила не описаны, расчет обычно получается оптимистичным. На бумаге поток выглядит ровным, но в работе появляются дополнительные окна под повторы. Для закупочного решения это критично: «высокопроизводительный NGS секвенатор» должен закрывать не только идеальный запуск, но и обычную лабораторную вариативность.

4. Сроки, данные и ответственность

Отдельно внесите в таблицу:

• требуемый turnaround time;
• кто отвечает за подготовку библиотек;
• кто принимает данные после запуска;
• где хранятся файлы;
• как передаются результаты биоинформатику или заказчику;
• что считается завершенным WGS-проектом.

Эти пункты выглядят организационными, но напрямую влияют на расчет. Если данные долго ждут приемки или библиотеки не готовы к окну запуска, фактическая пропускная способность потока падает даже при корректно выбранной платформе.

Как использовать чек-лист для Геноскан 5000

Соберите таблицу и отправляйте ее вместе с запросом на консультацию.

Минимальная структура таблицы:

1. Сценарий WGS.
2. Число образцов в партии.
3. Частота партий.
4. Глубина покрытия.
5. QC до библиотеки.
6. QC после библиотеки.
7. Допустимые повторы.
8. Срок выдачи данных.
9. Комментарий для консультации по Геноскан 5000.

Перейти к /genoscan5000 и запросить консультацию.

FAQ

Можно ли заранее назвать нужную производительность без чек-листа?
Можно сделать только грубую оценку. Для закупочного решения нужны данные о партиях, QC, повторах и сроках.

Какая главная ошибка при расчете WGS-производительности?
Считать только идеальный запуск и забывать про QC, повторы, нерегулярные партии и организационные задержки.