ИИ помог обнаружить тысячи систем редактирования CRISPR

Новый алгоритм поиска выявил 188 видов редких систем CRISPR в бактериальных геномах. Инструмент, созданный в лаборатории пионера CRISPR Фэн Чжана, использует подходы кластеризации больших данных. Команда использовала алгоритм для анализа данных о широком спектре необычных бактерий, в том числе обнаруженных в угольных шахтах, пивоварнях, антарктических озерах и собачьей слюне. Ученые обнаружили удивительное количество и разнообразие систем CRISPR, в том числе те, что нацеливаются на РНК.

Новые системы потенциально можно использовать для редактирования клеток млекопитающих с меньшим количеством побочных эффектов, чем нынешние системы Cas9. Однажды их также можно будет задействовать в диагностике или для молекулярной записи активности внутри клеток. Исследователи говорят, что их поиск подчеркивает беспрецедентный уровень разнообразия и гибкости CRISPR и что, вероятно, еще предстоит открыть еще много редких систем, поскольку базы данных продолжают расти. Результаты исследования опубликованы в журнале Science.

Использование этого подхода позволило команде исследовать миллиарды последовательностей белков и ДНК за недели, тогда как предыдущие методы поиска потребовали бы месяцев. Исследователи также открыли новые механизмы действия некоторых систем CRISPR типа IV и системы типа VII, которая точно нацелена на РНК, что потенциально может быть использовано при редактировании ее последовательности.